В выдаче загранпаспорта могут отказать по ряду причин. Прежде всего, он выдаётся гражданам, которые имеют доступ к документации, находившейся под грифом секретности. «Загранник» можно получить только по истечении определённого на законодательном уровне срока после прекращения доступа к подобным документам. Если известные гражданину сведения по-прежнему имеют свою силу, то срок ограничения продлевается.

Также загранпаспорт не выдаётся гражданам, призванным на военную службу или альтернативную. Как только срок службы заканчивается, ограничение снимается. Гражданин, подозреваемый в совершении преступления или задержанный за него, лишается права в получении документа до момента окончательного решения суда. Осуждённым «загранник» также не выдается. Кроме того, ограничения накладываются на граждан, уклоняющихся от выполнения обязательств, предусмотренных судом.

Отказ в выдаче загранпаспорта может произойти в случае указания в анкете неверных сведений. В случае отказа, оформителю выдаётся специальное уведомление, в котором указан срок действия ограничения, его номер и название организации, которое его наложило.